| Mittetulundusühing Youth With A Mission Estonia | 80670111 | Tallinn | 17 March 2026 | Registered |
| Mittetulundusühing FIDES Foundation | 80614408 | Kõriska | 5 August 2022 | Registered |
| Nordic-Baltic Foursquare Mittetulundusühing | 80590694 | Tallinn | 4 January 2021 | In liquidation |
| Mittetulundusühing Aabrahami põlvkond | 80590139 | Võru | 17 December 2020 | Registered |
| Eesti Pema Lingpa Kogudus | 80559715 | Umbusi | 7 January 2019 | Registered |
| Open Bible Mittetulundusühing | 80397786 | Peetri | 26 February 2016 | Registered |
| MTÜ Armu Misjon | 80396377 | Tallinn | 25 January 2016 | Registered |
| Tallinna Kristlik ja Protestantlik Kogudus Uuestisünd | 80381074 | Tallinn | 10 February 2015 | Registered |
| Eesti Kristliku Nelipühi Kiriku Fookus Kogudus | 80378089 | Tallinn | 27 November 2014 | Registered |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Mustamäe Maarja Magdaleena Kogudus | 80320902 | Tallinn | 29 December 2010 | Registered |
| Maausuliste Viru Koda | 80320569 | Rakvere | 22 December 2010 | Registered |
| Mittetulundusühing Helena | 80264888 | Tallinn | 9 April 2008 | Registered |
| Mittetulundusühing Buddhaloka | 80260896 | Tallinn | 30 November 2007 | Registered |
| Sihtasutus Johanniitide Abi Eestis | 90008809 | Tallinn | 23 March 2005 | Registered |
| Maausuliste Saarepealse Koda | 80219250 | Triigi | 11 March 2005 | Registered |
| Seitsmenda Päeva Adventistide Jõhvi Kogudus | 80214867 | Jõhvi | 26 January 2005 | Registered |
| Härjapea Taarausuliste ja Maausuliste Koda | 80214726 | Tallinn | 7 January 2005 | Registered |
| Järvakandi Kristlik Nelipühi Kogudus "Immanuel" | 80215602 | Järvakandi | 27 December 2004 | Registered |
| Eesti Kristliku Nelipühi Kiriku Pärnu Kogudus | 80215542 | Pärnu | 23 December 2004 | Registered |
| MITTETULUNDUSÜHING VRINDAVAN | 80204863 | Kohtla-Järve | 14 December 2004 | Registered |
| Seitsmenda Päeva Adventistide Pärnu Kogudus | 80214382 | Pärnu | 9 December 2004 | Registered |
| Seitsmenda Päeva Adventistide Põltsamaa Kogudus | 80214376 | Põltsamaa | 9 December 2004 | Registered |
| Seitsmenda Päeva Adventistide Türi Kogudus | 80214318 | Türi | 8 December 2004 | Registered |
| Seitsmenda Päeva Adventistide Narva Kogudus | 80214287 | Narva | 8 December 2004 | Registered |
| Kikita Vanausuliste Kogudus | 80214092 | Kükita | 26 November 2004 | Registered |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Soome Püha Peetruse Kogudus | 80213454 | Tallinn | 18 November 2004 | Registered |
| Eesti Evangeeliumi Kristlaste ja Baptistide Koguduste Liidu Palivere Evangeeliumi Kristlaste Vabakogudus | 80213307 | Palivere | 11 November 2004 | Registered |
| Eesti Evangeeliumi Kristlaste ja Baptistide Koguduste Liidu Lihula Baptistikogudus | 80213141 | Lihula | 4 November 2004 | Registered |
| Rakke Kogudus | 80212868 | Rakke | 26 October 2004 | Registered |
| Eesti Evangeeliumi Kristlaste ja Baptistide Koguduste Liidu Jausa Kogudus | 80212733 | Jausa | 22 October 2004 | Registered |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Vigala Maarja Kogudus | 80212288 | Kivi-Vigala | 7 October 2004 | Registered |
| Eesti Apostlik- Õigeusu Kiriku Tornimäe Neitsi Maria Kogudus | 80212035 | Tornimäe | 27 September 2004 | Registered |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Rõuge Maarja Kogudus | 80211024 | Rõuge | 1 September 2004 | Registered |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Roosa Jakobi Kogudus | 80210958 | Vana-Roosa | 31 August 2004 | Registered |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Pöide Maarja Kogudus | 80210941 | Pöide | 31 August 2004 | Registered |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Noarootsi Püha Katariina Kogudus | 80210881 | Hosby | 31 August 2004 | Registered |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Kuressaare Laurentiuse Kogudus | 80210912 | Kuressaare | 31 August 2004 | Registered |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Avinurme Kogudus | 80210763 | Avinurme | 31 August 2004 | Registered |
| Eesti Apostlik-Õigeusu Kiriku Pärnu Issandamuutmise Kogudus | 80210800 | Pärnu | 31 August 2004 | Registered |
| Eesti Apostlik-Õigeusu Kiriku Häädemeeste Issandamuutmise Kogudus | 80210817 | Häädemeeste | 31 August 2004 | Registered |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Püha Jakobi Kogudus | 80210546 | Püha | 30 August 2004 | Registered |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Muhu Katariina Kogudus | 80210450 | Liiva | 30 August 2004 | Registered |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Lüganuse Ristija Johannese Kogudus | 80210198 | Lüganuse | 27 August 2004 | Registered |
| Eesti Apostlik-Õigeusu Kiriku Treimani Apostlite Peetruse-Pauluse Kogudus | 80210272 | Treimani | 27 August 2004 | Registered |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Tallinna Rootsi-Mihkli Kogudus | 80209858 | Tallinn | 25 August 2004 | Registered |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Koeru Maarja-Magdaleena Kogudus | 80209872 | Koeru | 25 August 2004 | Registered |
| Eesti Apostlik-Õigeusu Kiriku Tahkuranna Jumalasünnitaja Uinumise Kogudus | 80209607 | Tahkuranna | 23 August 2004 | Registered |
| Jõgeva Elu Sõna Kogudus | 80207229 | Jõgeva | 17 August 2004 | Registered |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Saaremaa Jaani Kogudus | 80209211 | Jaani | 11 August 2004 | Registered |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Pärnu-Jakobi Kogudus | 80209197 | Pärnu-Jaagupi | 11 August 2004 | Registered |