| VISHWA NIRMALA DHARMA ÜHING | 80678696 | Kohtla-Järve | 23 September 2026 | Registered |
| MTÜ Me Armastame Aidata | 80677165 | Elva | 26 August 2026 | Registered |
| MTÜ Püha Etheldreda Osaduskond | 80674652 | Tallinn | 30 June 2026 | Registered |
| Jeesuse Kristuse Misjon Kõigile Rahvastele MTÜ | 80674149 | Tallinn | 15 June 2026 | Registered |
| Peraküla Palvela MTÜ | 80671330 | Peraküla | 9 April 2026 | Registered |
| The Bridge MTÜ | 80670795 | Narva | 30 March 2026 | Registered |
| Sihtasutus Europe Region of the United Pentecostal Church International | 90016370 | Rae | 22 August 2025 | Registered |
| Müüriladujate Ühendus | 80646644 | Tallinn | 18 October 2024 | Registered |
| Sihtasutus Aleksandri Õigeusu Vennaskond | 90016238 | Tallinn | 18 July 2024 | Registered |
| MTÜ Gospel Europe | 80642861 | Narva | 18 July 2024 | Registered |
| MTÜ Mission Europe Estonia | 80639609 | Tallinn | 16 April 2024 | Registered |
| MTÜ Antsla Palvekoda | 80636640 | Uhtjärve | 5 February 2024 | Registered |
| MTÜ Märtrite Hääl | 80625889 | Tallinn | 27 April 2023 | Registered |
| Dhammavinaya Instituut | 80625240 | Tallinn | 14 April 2023 | Registered |
| MTÜ QURAN RESEARCH CENTER | 80623867 | Tallinn | 16 March 2023 | Registered |
| Muslim Association of Estonia MTÜ | 80621259 | Võru | 19 January 2023 | Registered |
| MTÜ Campus Mission International EUROPE | 80612776 | Tallinn | 15 June 2022 | Registered |
| MTÜ Vabadus Kristuses Teenistus | 80611166 | Pärnu | 5 May 2022 | Registered |
| Mittetulundusühing House of Light | 80606917 | Reastvere | 2 February 2022 | Registered |
| God’s Squad Christian Motorcycle Club Estonia MTÜ | 80596061 | Pringi | 3 May 2021 | Registered |
| MTÜ Theological Center | 80587835 | Narva | 3 November 2020 | Registered |
| Dzogtšeni Buddha Tee Eesti Ühing | 80581519 | Tallinn | 22 May 2020 | Registered |
| Mittetulundusühing IAM Centre | 80576599 | Tallinn | 5 February 2020 | Registered |
| Sihtasutus Piibel Kõigile | 90014796 | Vergi | 8 August 2019 | Registered |
| Mittetulundusühing M4Europe | 80561830 | Tartu | 18 February 2019 | Registered |
| Kiviõli kristlik kogudus "Ühendus Kristuses" | 80552668 | Kiviõli | 20 July 2018 | Registered |
| Alliku kristlik kogudus "Ühendus Kristuses" | 80552133 | Alliku | 2 July 2018 | Registered |
| Mittetulundusühing Isiksuse Taastumise Keskus | 80546090 | Kohtla-Järve | 7 February 2018 | Registered |
| MTÜ Yeshe Khorlo Eesti | 80410350 | Umbusi | 14 December 2016 | Registered |
| Piiskopkondlik Misjoniseminar "Redemptoris Mater" | 80405969 | Tallinn | 8 September 2016 | Registered |
| MTÜ Buddhalaste Sangha | 80402860 | Tallinn | 16 June 2016 | Registered |
| Mittetulundusühing Kristlik Misjon Jumala Otsijate Liikumine | 80397023 | Aseri | 8 February 2016 | Registered |
| MTÜ Ülistus | 80373135 | Rakke | 6 August 2014 | Registered |
| sihtasutus Eesti Õigeusu Toetuskapital „Usaldus“ | 90012805 | Tallinn | 7 July 2014 | Registered |
| Mittetulundusühing Halastusmaja | 80363219 | Aseri | 6 November 2013 | Registered |
| Püha Risti ja Opus Dei prelatuur Eestis | 80349917 | Tallinn | 20 November 2012 | Registered |
| Mittetulundusühing Cross Development Estonia | 80348154 | Metsakasti | 9 October 2012 | Registered |
| Mittetulundusühing Maarja Gild | 80346563 | Tallinn | 6 September 2012 | Registered |
| Mittetulundusühing Hea Sõnum | 80339304 | Tallinn | 7 March 2012 | Registered |
| Tallinna Kristlik Kiituse Kabeli Kogudus | 80337570 | Tallinn | 2 February 2012 | Registered |
| Mittetulundusühing Tõeline Kristlik Piibliteenistus | 80331165 | Tallinn | 25 August 2011 | Registered |
| Mittetulundusühing Hingepiibel | 80330125 | Tallinn | 25 July 2011 | Registered |
| Mittetulundusühing Kristlik Misjon Source of Life | 80329441 | Narva | 5 July 2011 | Registered |
| Kristuse Kuningriigi Epitsentri Mittetulundusühing | 80323935 | Räni | 25 February 2011 | Registered |
| Mittetulundusühing Põlev Põõsas | 80322663 | Harkujärve | 3 February 2011 | Registered |
| Vene Rahvausu Kogudus Eestis | 80312067 | Tartu | 20 July 2010 | Registered |
| Mittetulundusühing Invaliidide Assotsiatsioon NIKA | 80307400 | Tallinn | 15 April 2010 | Registered |
| Mittetulundusühing Taevas TV7 Kristlik Ühing | 80300348 | Tallinn | 8 December 2009 | Registered |
| Mittetulundusühing ÜTM | 80290472 | Tallinn | 26 June 2009 | Registered |
| Mittetulundusühing Antikmisio | 80284810 | Mõisaküla | 27 March 2009 | Registered |