| Eesti moslemite Muftiaat kogudus | 80672469 | Tallinn | 4 May 2026 | Registered |
| Pärnu Kristlik Kogudus Eluallikas | 80671777 | Pärnu | 20 April 2026 | Registered |
| Läänemaa Kristlik Koda Kogudus | 80666078 | Haapsalu | 31 December 2025 | Registered |
| Eesti Apostlik-Õigeusu Kiriku Püha Mäe Isade Püha Klooster Kiriklas | 80666084 | Pihali | 31 December 2025 | Registered |
| Grace Bible Kogudus | 80665848 | Tallinn | 22 December 2025 | Registered |
| Kristlik kogudus See on Siion | 80658788 | Rapla | 13 August 2025 | Registered |
| Paide Kristlik Vabakogudus | 80657665 | Paide | 14 July 2025 | Registered |
| JUMALIKU VALGUSE KOGUDUS | 80645024 | Keila | 13 September 2024 | Registered |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Lasnamäe Püha Markuse Kogudus | 80642540 | Tallinn | 9 July 2024 | Registered |
| Tartu Kristlik Karjase Kogudus | 80642008 | Tartu | 25 June 2024 | Registered |
| Eesti Metodisti Kiriku Lootuse Kogudus | 80641322 | Tallinn | 3 June 2024 | Registered |
| Ukraina Kreeka-Katoliku Kiriku Püha Perekonna Kogudus Tartus | 80638685 | Tartu | 25 March 2024 | Registered |
| Eesti Apostlik-Õigeusu Kiriku Suure-Jaani Peeter-Pauli Kogudus | 80636060 | Suure-Jaani | 23 January 2024 | Registered |
| Eesti Kristliku Nelipühi Kiriku Hiiumaa Eluvee Kogudus | 80635764 | Käina | 12 January 2024 | Registered |
| Eesti Apostlik-Õigeusu Kiriku Puski Kristuse Sündimise kogudus | 80634233 | Puski | 29 November 2023 | Registered |
| Eesti Kristliku Nelipühi Kiriku Rae kogudus | 80634115 | Vaskjala | 24 November 2023 | Registered |
| Eesti Kristlik Nelipühi Kirik Muhu kogudus | 80633251 | Jursi | 2 November 2023 | Registered |
| Eesti Islami Šuura Nõukogu Dar al-Iftaa Kogudus | 80622496 | Tallinn | 13 February 2023 | Registered |
| RAHVUSVAHELINE NELIPÜHI TEENISTUSE KOGUDUS EESTIS | 80622135 | Tallinn | 6 February 2023 | Registered |
| MTÜ Abruka kabel | 80621779 | Abruka | 27 January 2023 | Registered |
| Tartu Kristlik Ruut Kogudus | 80619860 | Tartu | 20 December 2022 | Registered |
| Eesti Täisevangeelse Kiriku Narva "Majakas" Kogudus | 80618872 | Narva | 21 November 2022 | Registered |
| Tallinna Piibli Kogudus | 80613716 | Tallinn | 15 July 2022 | Registered |
| Eesti Apostlik-Õigeusu Kiriku Mõniste-Ritsiku Ristija Johannese kogudus | 80613142 | Liguri | 28 June 2022 | Registered |
| Eesti Täisevangeelse Kiriku Narva "Jumala Arm" Kogudus | 80600375 | Narva | 24 August 2021 | Registered |
| Mittetulundusühing Vormsi Püha Olavi Kiriku Fond | 80599092 | Hullo | 19 July 2021 | Registered |
| MFM Kogudus | 80590978 | Tallinn | 11 January 2021 | Registered |
| Kingi Lootust kogudus | 80589136 | Narva | 30 November 2020 | Registered |
| Kose Evangeelne Kogudus | 80586623 | Kose | 8 October 2020 | Registered |
| MTÜ Christian Faith Center | 80583642 | Narva | 4 August 2020 | Registered |
| Kristlik Kogudus Maa Sool | 80582163 | Tallinn | 12 June 2020 | Registered |
| Palyul Nyingma Orgyen dorji choeling Kogudus | 80581650 | Tallinn | 27 May 2020 | Registered |
| Shambhala Eesti Tiibeti Budismi Tsongkhapa Rime kogudus | 80570869 | Paeküla | 30 September 2019 | Registered |
| Valga Kristlik Lootuse Tee Kogudus | 80564604 | Valga | 23 April 2019 | Registered |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Saue Pauluse kogudus | 80562634 | Saue | 6 March 2019 | Registered |
| Kogudus Tallinna Kogukonnad | 80559750 | Tallinn | 7 January 2019 | Registered |
| Kiviõli "Jumala Sõna" kogudus | 80557136 | Kiviõli | 6 November 2018 | Registered |
| Tallinna Elujõe kogudus | 80555628 | Rae | 8 October 2018 | Registered |
| EEVL Kogudus Tõe Sammas | 80555019 | Tartu | 24 September 2018 | Registered |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Harkujärve kogudus | 80552593 | Harkujärve | 18 July 2018 | Registered |
| Eesti Kristliku Nelipühi Kiriku Elu Kogudus | 80551205 | Tallinn | 5 June 2018 | Registered |
| Rahvusvaheline Rime Budismi kogudus Nangtenling | 80424501 | Tallinn | 3 October 2017 | Registered |
| Sihtasutus AGIMUS | 90013911 | Tallinn | 25 July 2017 | In liquidation |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Narva Maarja kogudus | 80411409 | Narva | 12 January 2017 | Registered |
| Tartu International Fellowship Kristlik Kogudus | 80409051 | Tartu | 16 November 2016 | Registered |
| Tallinna Kristlik Mosaiik Kogudus | 80408896 | Tallinn | 14 November 2016 | Registered |
| EKÕK Narva Kaheteistkümne Püha Apostli Kogudus | 80396911 | Narva | 5 February 2016 | Registered |
| Hiiumaa Kristlik Misjonikogudus | 80394533 | Kärdla | 15 December 2015 | Registered |
| Eesti Kristliku Nelipühi Kiriku Maardu kogudus | 80391463 | Maardu | 12 October 2015 | Registered |
| Piirissaare Vanausuliste Kogudus | 80388248 | Saare | 31 July 2015 | Registered |